A fajta a Komárom megyében a Győrt és Székesfehérvárt összekötő út mentén fekvő településről kapta a nevét, ahol a Batthyány család az 1758-59-ben megszerzett birtokon az akkori idők igen korszerű gazdaságát rendezte be. A birtok tulajdonosa Batthyány Kázmér és testvére Gusztáv eredményes angol telivér tenyésztő és sikeres futtató is volt.

Batthyány Kázmért az 1848-48-i szabadságharcban játszott szerepéért távollétében jelképesen kivégezték és elkobzott birtokán 1853.-ban I. Ferenc József császár egy nemes vérű katonai ménes kialakítását rendelte el. „Nemes vérű” lovon akkoriban minden kétséget kizáróan angol telivért értettek, de a terv szerinti 300 angol telivér anyakanca összehozása még az Osztrák-Magyar Monarchia számára is megoldhatatlan feladatot és anyagi terhet jelentett. Ezért az angol telivér importok mellett nagy létszámú állományt telepítettek Kisbérre az akkori kincstári és udvari ménesekből és a jelentősebb magánménesek állományából.

Ezt az alapjában vegyes származású (arab, cserkesz, spanyol, piberi, norfolki, percheron, mecklenburgi stb.) de típusában és küllemében gondosan válogatott állományt több generáción keresztül folyamatosan angol telivér fedezőménekkel fedeztették. A ménes első parancsnoka, Franz von Ritter altábornagy a nagy értékű, és a minőségi lótenyésztés számára nagy jelentőségű angol telivér méneket a ménes állományának fedeztetésén túl a köz rendelkezésére is bocsátotta. E gyakorlat következtében már 1855-től általánossá vált Kisbéren, hogy az angol telivér törzsmének a ménesi kancák mellett a magántenyésztők telivér vagy félvér kancáit is fedezhették. Így nemcsak a mének jobb kihasználását és a kiváló tenyészanyag elterjedését érték el, hanem a fedeztetési díjakból számottevő bevételekhez segítették a ménest. Minden évben a Földművelésügyi Miniszter a hivatalos közlönyben tette közzé a kisbéri ménesben felállított mének fedeztetési díját és a fedeztetés feltételeit.

A ménesben a kiváló telivér mének hatására kialakult egy angol telivérhez közel álló, de annál tömegesebb, feltétlen nyugodtabb, nagyobb munkakészségű és különösen korrektebb küllemű hátasló típus. Az így előállított félvér mének az országos fedezőmén igényt teljes mértékben kielégíteni, és a telivért pótolni tudták. Másod-, harmadosztályú telivér mének helyett Kisbér elsőrangú félvéreket tenyésztett a köztenyésztés számára. A századfordulón ezek a félvérek már nevet szereztek maguknak. Ez idő tájt alakultak ki a fajta máig híres törzsei: Deutscher Michael, Dunure, Kozma, Fenék, Shannon, Maxim, Filou, Slieve Gallion, vagy a kanca-oldalon igen eredményes Montbar, Rocketter, Verneuil, Willilam Rufus, Gunnerbury, Royal Lancer stb.

A mezőgazdaság intenzívebbé válásával egyre erőteljesebben fogalmazódott meg a kisbéri félvér tömegesítésének igénye. E folyamat során előbb a kiemelkedő örökítő erejű telivérek után állítottak fel félvér törzsméneket a ménesben, valamint mezőhegyesi félvér mének alkalmazására (Furioso XXIII, Furioso VII, North Star XXV) is sor került. Ennek következtében a már némileg túlfinomodott állomány típusában konszolidálódott, tömegesebbé vált, de megőrizte nemességét, eleganciáját, gyorsaságát és kitartását. Ezen értékes tulajdonságok megőrzése érdekében a tenyésztésbe állítandó fiatal törzskanca-jelölteknek terepen, vadászlovaglásban kellett a kijelölt feladatot és szintidőt teljesíteniük.

A II. világháború előtt a mozgás és használati tulajdonságok javítása céljából a hasonló tenyésztési technikával létrehozott trakehneni fajtából importáltak törzsméneket a kisbéri ménes számára. Így alapított törzset Széplak, Formás, és Lobogó.

A háborús események hatására 1944-ben a ménes állományát kettéosztották. Az ország területén különböző uradalmakban elhelyezve 330 mén, kanca és évjárati csikó várta a hadi események kedvezőbbre fordulását, míg a másik felét, 7 törzsmént, 145 anyakancát, 55 évjárati méncsikót, 63 évjárati kancacsikót és 10 szopós csikót a bajorországi Bergstettenbe evakuáltak. Ebből az állományból 1945-ben 78 egyedet hadizsákmányként az Amerikai Egyesült Államokba hajóztak és ott elárvereztek. Ott fajtatiszta tenyésztésük az 1953-ban megalapított Hungarian Horse Associationnak köszönhetően mindmáig fennmaradt.

1948. júniusában három szállítmányban 150 kisbéri ló tért haza, amely állománnyal és a hasonló tenyészirányt követő korábbi u.n. „egyezményes” magánménesek állományából 1954-ben felállított sárvári ménes kancáival és a méntelepeken fellelt ménekkel megkezdődött a fajta regenerálása. Sikerült a hajdani híres törzsek jó részét újraéleszteni és a fajta tenyészirányát az egyre inkább előtérbe kerülő sportkövetelmények felé irányítani. 1961-ben az akkor már mindössze 40 kancára csökkentett kisbéri ménes állományát a Dalmandi Állami Gazdaságba helyezték át, és szerte az országban megindult egy meggondolatlan és megállíthatatlan keresztezési hullám, amely az 1970-es évek végére a tiszta vérű kancaállományt a veszélyeztetett szintre csökkentette. A tradicionális ménvonalak és kancacsaládok nagy része odaveszett. A megmaradó népies és az egykori törzstenyészetekből kikerült állományból 1989-ben megalakult a Kisbéri-félvér Lótenyésztő Országos Egyesület, amely mára jelentős eredményeket ért el a fajta hagyományos értékeinek megőrzése és a modern sportló követelmények megvalósítása terén.